モバイルSUICAとモバイルICOCAの違いを紹介します。
モバイルSuicaとモバイルICOCAの違い
デザイン
モバイルSuicaには、ペンギン（名前なし）が、モバイルICOCAにはカモノハシのイコちゃんがデザインされています。
また、Suicaはキャラクターのアピールが控えめなのに対し、ICOCAはキャラクターのアピールが大きいです。
定期券
JR東日本区間の定期券を登録したい場合はモバイルSuicaを、JR西日本区間の定期券を登録したい場合はモバイルICOCAを利用する必要があります。
モバイルSuicaにJR西日本区間の定期券を登録したり、その逆は出来ません。
いずれであっても定期券に他社路線やバス路線も含まれている場合は登録できない場合があります。
ポイント関連
モバイルSuicaはJR東日本区間の鉄道、駅ビル等の利用でポイントが貯まります。
モバイルICOCAはJR西日本区間の一部区間にて指定された時間での利用、駅ナカ施設での利用、街中にあるICOCA加盟店の一部店舗でポイントが貯まります。
また、モバイルSuicaはwebサイトでのカード登録が必要ですがモバイルICOCAは登録不要です。
オートチャージ
モバイルSuicaではビューカード限定でオートチャージ出来ますが、モバイルICOCAでは記事執筆時点ではオートチャージ出来ません。
ただし、モバイルSuicaを関西等で使った場合はオートチャージ出来ません。
モバイルSuicaとモバイルICOCA、どちらを利用するべき？
関東にお住まいの方はモバイルSuicaを、関西にお住まいの方はモバイルICOCAの利用がおすすめです。
関東に住んでるけど仕事の関係でよく乗るのは関西の電車といった場合は、モバイルICOCA（逆だとモバイルSuica）を利用してもいいかも知れません。
ちなみにモバイルSuicaとモバイルICOCAは共存できます。（残高は共有されません。）
共存させた場合どちらが支払いに使われるかですが、iPhoneの場合はエクスプレスカードに登録したカードが使われます。エクスプレスカードに登録していない場合はその都度選択する形になります。
（エクスプレスカードにどちらかを登録しても選択することも出来ます。）
